獨立式制冷機組：獨立與非獨立制冷機組是按照動力來源劃分的，獨立制冷機組是指制冷機組擁有單獨的動力源即機組本身有獨立動力源。
　　一般來說獨立制冷機組都是一體式結構但也有改裝的分體式結構（此結構一般都是吊裝在汽車的大梁上），這種機組本身帶有給制冷系統提供動力和電能的發動機及發電機裝置。能夠獨立工作，不受汽車發動機工作狀態的限制。
　　非獨立式制冷機組：顧名思義就是不能夠獨立制冷工作的制冷機組，此種機組本身沒有動力裝置，要靠汽車發動機帶動壓縮機工作。
　　非獨立式制冷機組從結構上也可以分為一體式結構與分體式結構。分體式結構又包含冷凝器前置式、冷凝器頂置式和冷凝器下置式（底置式或者隱蔽式）三種形式；但是冷凝器前置式結構是分體非獨立制冷機組里面比較常見的結構形式。
　　獨立制冷機組
　　獨立制冷機組優點是穩定可靠，這也是冷藏車需要的。由于獨立制冷機組有單獨的動力輸出來源，所以當冷藏車熄火或者在冷藏車出現發動機故障時制冷機還能工作，從而保證冷藏車廂里面的貨物不會變質。
　　獨立制冷機組的缺點是價格昂貴，維修相對非獨立制冷機組復雜。由于多了一套動力系統在維修保養上獨立制冷機組相對非獨立制冷機組復雜，而且獨立制冷機組在技術上相對會復雜，價格高。
　　非獨立制冷機組
　　非獨立制冷機組的優點是價格便宜，結構簡單易于維護和保養。
　　獨立制冷機組的缺點是過于依賴冷藏車的動力源，當冷藏車發動機停止工作時，非獨立式制冷機組失去動力支持，制冷系統停止工作，如果在汽車熄火的時候頻繁的打開車廂門將使汽車箱體內冷氣大量流失造成車廂內溫度升高，或者在汽車出現故障時（發動機故障）制冷機也將停止制冷，車廂內貨物容易受到損失。